Izin Operasional merupakan bukti tertulis yang dikeluarkan oleh instansi yang berwenang melalui serangkaian proses dan prosedur yang telah dilalui terlebih dahulu sebagai legalitas atas kelayakan sebuah lembaga. Persyaratan dan proses didasarkan atas landasan argumentasi-regulatif dan kebijakan teknis-operasional untuk memastikan kelangsungan orientasi dan khittah lembaga, yang sejalan baik dari sisi kepentingan kebijakan maupun kepentingan kultural di masyarakat. Izin operasional merupakan bukti konkret dan sah bagi sebuah instansi. Lembaga yang telah memiliki izin operasional ini berhak untuk menjalankan fungsi-fungsi yang melekat pada lembaga, seperti fungsi pendidikan, fungsi transformasi ajaran agama, dan fungsi sosial lainnya dan diakui oleh negara.
Pada prinsipnya izin operasional LPQ, Madrasah Diniyah, dan Pondok Pesantren terdiri dari SK Penetapan Pendirian/SK Penetapan Tanda Daftar atau Perpanjangan; dan Piagam Tanda Daftar/Surat Keterangan. Di dalam piagam Tanda Daftar terdapat nomor statistik berupa kode unik sebagai identitas lembaga yang hanya dimiliki secara eksklusif oleh lembaga dimaksud.
Izin Operasional bersifat temporer (dibatasi masa berlakunya) yakni 5 (lima) tahun. Pembatasan masa berlaku izin operasional ini dimaksudkan untuk memudahkan dalam melakukan pemutakhiran (updating) data, di samping untuk memudahkan upaya pembinaan dan peningkatan kualitas lembaga. Pengajuan perpanjangan izin operasional diusulkan tiga bulan sebelum masa berlaku izin tersebut berakhir.
Dengan diterbitkannya izin operasional, lembaga yang bersangkutan secara hukum telah diakui (recognize) oleh instansi yang berwenang untuk melakukan kegiatan dan program sesuai dengan tugas dan fungsi yang melekat pada lembaga dan berhak untuk mendapatkan pembinaan, fasilitasi, dan hal-hal lain yang melekat berdasarkan peraturan perundang-undangan.